结局是莹和莹的哥哥进了过去的时间，让枣活下去，但是消失了，所有人都不记得他们俩了。

蜜柑失去爱丽丝，被消除记忆离开了爱丽丝学园。

几年后因为有人到处寻找蜜柑想要拐走她探寻爱丽丝学园的秘密，蜜柑的同学们包括所有重要人物(比如枣，流架，翼，鸣海老师等)来到蜜柑后来读书的地方，把蜜柑当初自己制作的爱丽丝石还给她，使她恢复了部分记忆，然后一众人踏上寻找记忆中消失的那个莹和她哥哥的旅途。

其实爱丽丝学园到180话就完结了。后面就没有番外了，但是作者发了最后一张图给大家完成了一个结局。你可以从这张图中看明白最后发生的所有事。

顺便说一句，作者新出了一部漫画，是说阿翼学长的妹妹的故事，但是中间穿插了一些蜜柑和阿枣的故事，可以一读。

枣将蜜柑以前给他的那片小爱丽丝石还给了蜜柑，蜜柑恢复记忆了，小莹和昂依然接受惩罚只有少数人记得小莹和昂，蜜柑记起小莹和她的友谊，所以枣、流架和蜜柑踏上了寻找小莹和昂的道路……

《爱丽丝学园》是日本漫画家樋口橘在《花与梦》上连载的漫画。该作品讲述拥有特殊能力爱丽丝的少女佐仓蜜柑和她同伴们的校园故事。

在50话，圣诞节时在圣诞树上蜜柑和枣kiss了（是枣主动的）。在84话中，日向枣像参加借物比赛（他抽的是喜欢的人）结果拉着蜜柑的手冲向终点。（但是因为他戴着面具，所以蜜柑不知道是枣）134话中，向枣告白。在圣诞夜，因得到志贵的成全，与枣有短暂的相会。145话中，与枣再次交换爱丽丝石并答应枣的求婚，然后两人再次暂别。